En 1290, les pères Carmes, établis à Clermont sur l'emplacement du couvent des frères de la Pénitence, construisirent une église, pillée par les chanoines du chapitre de Saint-Genès. En 1315 et 1329, les pères Carmes édifièrent la vaste église actuelle dont l'achèvement ne se fit que deux siècles plus tard. A la Révolution, l'édifice fut vendu à la ville comme bien national, qui le revendit à des particuliers qui la rendirent au culte.
L'édifice est antérieur à 1430 dans son ensemble. Le sanctuaire a été élevé entre 1290 et 1301. Le choeur et les trois travées le précédant datent de 1329-1389 ; les deux autres travées de 1430-1470. Chapelles latérales de la fin du 15e - début 16e siècle. Clocher élevé en 1849. Les deux chapelles encadrant le chœur datent de 1860-1868.
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